محمدحسین احمدی شاهرودی فرزند مرحوم شیخ علیاصغر احمدی است. پدر ایشان از اساتید حوزههای علمیه نجف اشرف و قم بود که در سال ۱۳۶۸ و در سن ۶۹ سالگی در جریان انتفاضه شعیان عراق توسط عوامل دولت عراق در بارگاه علی بن ابیطالب علیه السلام در نجف اشرف دستگیر شده و شهید شد. او در محضر پدرش و نیز آیت الله سید ابوالقاسم خوییتحصیل کرد. پس ازپیروزی انقلاب اسلامی به همراه چند نفر از دیگر روحانیون نجف دستگیر و اخراج شدند. لذا در ۱۳۵۸ برای تحصیل به قم آمد.
او در زمان تحصیل در حوزه علمیه قمنزد آیت الله میرزا جواد تبریزیوحید خراسانیو آیت الله سید کاظم حائریتحصیل کرد و به درجه اجتهاد رسید. او بعدها به سمت حاکم شرعو رئیس دادگاههای انقلاب اسلامیدر استان خوزستان منصوب شد.
از دیگر سمتهای وی رئیس نهاد نمایندگی رهبر جمهوری اسلامی ایران در منطقه شش دانشگاه آزاد اسلامی استان خوزستان و مدیر کلی گزینش و استخدام قضات سراسر کشور به انتصاب آیت الله سید محمود هاشمی شاهرودیبودهاست.