اعضای اولین دوره سیدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها در سال ۱۳۲۰ش در شهرستان قزوین دیده به جهان گشود. پدرش سید حسین از روحانیون و کسبه‌ی بازار قزوین بود. وی پس از گذراندن دوره‌ی ابتدایی وارد حوزه‌ی علوم اسلامی شد و از سال ۱۳۳۲ تا ۱۳۴۰ ش در آن شهر در مدارس «شیخ کافیه» و «التفاتیه» به تحصیل علوم دینی پرداخت و از سال ۱۳۴۰ ش وارد مدرسه‌ی فیضیه‌ی قم شد. او از محضر استادانی چون امام خمینی، آیت‌الله حسینعلی منتظری، آیت‌الله محقق داماد، آیت‌الله محمد علی اراکی، علامه طباطبایی و آیت‌الله سلطانی بهره برد. وی با شروع نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی در جریان مبارزات ضد رژیم قرار گرفت . حیات سیاسی وی از سال ۱۳۴۱ در سن ۲۲ سالگی شروع شد . حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها در سال ۱۳۴۲ ش به علت شرکت در جشنی که به مناسبت آزادی امام خمینی برپاشده‌بود، دستگیر شد و مدتی در زندان به سر برد . وی حوادث سیاسی قم را از طریق نامه و اعلامیه‌های امام خمینی به قزوین ارسال می‌کرد.
در مهر ۱۳۴۴ ش امام خمینی از ترکیه به نجف تبعید شد و موجب مسرت عده‌ای از علما و روحانیون شد. به دنبال این واقعه حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها و جمعی از علما و روحانیون آذربایجانی مقیم حوزه‌ی علمیه‌ی قم نامه‌ای به امام خمینی در نجف فرستادند و در آن نامه ضمن ابراز خرسندی از انتقال ایشان به عتبات عالیات در عراق، نسبت به ادامه‌ی تبعید وی ابراز تأسف کردند . در اواخر سال ۱۳۴۴ ش ساواک قم آیت‌الله منتظری و محمد منتظری را دستگیر کرد. در فروردین ۱۳۴۵ آیت‌الله عبدالرحیم ربانی شیرازی دستگیر شد و پس از آن علی اصغر مروارید، آیت‌الله احمد جنتی و آیت‌الله احمد آذری قمی که از روحانیون مبارز حوزه‌ی علمیه‌ی قم بودند دستگیر شدند. گذشته از آنها شهاب‌الدین اشراقی (داماد امام خمینی) نیز دستگیر و به همدان تبعید شد. متعاقب این وقایع، حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها و جمعی از مدرسین و محصلین حوزه‌ی علمیه‌ی قم طی اعلامیه‌ای از مراجع ایران و عراق خواستند تا اولاً مراتب انزجار روحانیت ایران را به مقامات مسئول ابلاغ کنند، ثانیاً پس از استیضاح مقامات از اساتید حوزه‌ی علمیه‌ی قم رفع مزاحمت شود، ثالثاً به مقامات کشور تذکر داده شود آنهایی که به چنین اقداماتی دست می‌زنند دانسته یا ندانسته مقدمات یک انفجار عظیم را در قم و سایر شهرستان‌ها فراهم می‌کنند . سیدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها در زمان اقامت امام خمینی در نجف، درسال ۱۳۴۵ ش به عراق رفت و پس از یک سال اقامت در آن شهر به ایران برگشت. وی بار دیگر که به قصد اقامت دائم و تحصیل عازم عراق بود، در بصره دستگیر شد و پس از اعزام به نجف، ناگزیر تعهد داد که کشور عراق را به زودی ترک کند. وی سپس به قم برگشت و به تحصیل ادامه داد . از سال ۱۳۵۰ ش به دستور امام خمینی و به‌وسیله‌ی روحانیت مبارز قم، تهران و تجار، صندوق‌های قرض‌الحسنه‌ای به ظاهر به عنوان قرض دادن به مردم نیازمند بدون دریافت سود، ولی در باطن به منظور کمک رساندن به انقلابیون مسلمان تأسیس گردید. صندوق‌های مزبور از سال ۱۳۵۰ ش فعال‌تر شدند. همین امر سبب شد که صندوق‌ها با عنوان «بانک تعاون اسلامی» در شهر قم زیر نظر حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها و شهید نصرت‌الله قزوینی تأسیس و اداره شود و از طریق آنها، کمک‌های ارزنده‌ای به مبارزان و خانواده‌ی شهدا می‌شد. پس از عزیمت موسوی خوئینی‌ها به تهران، صندوق توسط شهید نصرت‌الله اداره می‌شد .
در سال ۱۳۵۱ش حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها به تهران آمد و در مسجد «جوستون» در نیاوران به اقامه‌ی نماز جماعت و تفسیر قرآن پرداخت. وی هم‌زمان به تحقیق در مسائل اسلامی اشتغال داشت. جلسات تفسیر قرآن وی به صورتی بود که جوانان را به خود جلب می‌کرد و پایگاهی برای تقویت بنیان‌های فکری انقلابیون بود. این مرکزیت موجبات دستگیری و زندانی شدن وی در سال ۱۳۵۵ ش و محکومیت وی به پانزده سال حبس را فراهم کرد . در سال ۱۳۵۵ ش با دستگیر شدن او جلسات تفسیر نیز تعطیل شد و مسجد مزبور هم به علت نداشتن برنامه‌ی مشخص از فعالیت بازماند. یک سال بعد وی همراه جمع دیگری از زندانیان سیاسی آزاد شد و به ادامه‌ی فعالیت‌های خود پرداخت. او در این برهه مسجد را پایگاهی برای تقویت اندیشه‌های جوانان قرار داد .
روز هفده دی ماه ۱۳۵۶ در روزنامه‌ی اطلاعات، مقاله‌ی توهین‌آمیزی نسبت به امام خمینی و روحانیت تحت عنوان «استعمار سرخ و سیاه در ایران» درج گردید. حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها و ائمه‌ی جماعت تهران در بیستم دی ماه آن سال اعلامیه‌ای صادر کردند و در آن اعلامیه ضمن ابراز تأسف از توهین روزنامه‌ی اطلاعات، از مراجع، مدرسین و طلاب علوم دینی به خاطر تعطیل کردن درس و اقدام مردم به تعطیل عمومی کسب و کار و تجلیل مقام روحانیت قدردانی کردند . بعد از حوادثی همچون قیام ۱۹ دی ۱۳۵۶، کشتار مردم تبریز در چهلمین روز واقعه‌ی مزبور در ۲۹ بهمن ۱۳۵۶، کشتار مردم یزد در چهلمین روز بزرگداشت قیام تبریز در دهم فروردین ۱۳۵۷، بمب‌گذاری در منزل شخصیت‌ها، ربودن و ضرب و جرح آنها، حمله به دانشگاه‌ها و مدارس علوم دینی، ایجاد رعب و وحشت در میان مردم با بستن مغازه‌ها و حجره‌ها، موسوی خوئینی‌ها به اتفاق علمای تهران اعلامیه‌ی مشترکی صادر کردند و ضمن ابراز انزجار از این حوادث از مقاومت مردم تجلیل کردند. گذشته از آن در روز ۲۱ اردیبهشت ۱۳۵۷ در مسجد جامع تهران، مراسم بزرگداشتی برای شهدای یزد و سایر شهرها برپا داشتند .
در خرداد ۱۳۵۷ ش سید محمد موسوی خوئینی‌ها به‌عنوان یکی از اعضای جامعه‌ی روحانیت مبارز، به اتفاق سایر اعضا با انتشار اعلامیه‌ای مشترک، ضمن بزرگداشت خاطره‌ی قیام پانزده خرداد ۱۳۴۲ اعلام کردند که چون رژیم قصد دارد پانزده خرداد دیگری به راه اندازد، بهتر است که عظمت این روز در تاریخ با مقاومت منفی نشان داده شود؛ بنابراین در سراسر ایران روز دوشنبه، ۱۵ خرداد ۱۳۵۷ مردم از خانه‌ها خارج نشوند و از هرگونه تظاهرات خودداری کنند تا توطئه‌ی رژیم برای اجرای نقشه‌ی فوق را خنثی کنند . بعد از واقعه‌ی آتش‌سوزی در سینما رکس آبادان در شهریور ۱۳۵۷، موسوی خوئینی‌ها و جامعه‌ی روحانیت مبارز تهران نسبت به توطئه‌ی رژیم برای انحراف افکار عمومی از مسئولیت دولت در حادثه‌ی مزبور به مردم هشدار دادند. پس از فشار دولت عراق به امام در ۱۳۵۷، با صدور اعلامیه‌ای به آن اعتراض کرد.
به‌دنبال کشتار مردم تهران در جمعه‌ی خونین، هفده شهریور ۱۳۵۷ و سالگرد شهادت آیت‌الله سید مصطفی خمینی، موسوی خوئینی‌ها و جامعه‌ی روحانیت تهران به مناسبت چهلمین روز حادثه‌ی مزبور، روز ۲۴ مهر آن سال را عزای عمومی اعلام کردند و طی اعلامیه‌ای با امام خمینی تجدید پیمان کردند . او در آبان سال ۱۳۵۷ برای دیدار با امام خمینی عازم پاریس شد و همراه ایشان به ایران بازگشت. پس از پیروزی انقلاب اسلامی حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها ابتدا به نمایندگی از سوی امام خمینی در رادیو و تلویزیون منصوب شد و سپس در واقعه‌ی تسخیر لانه‌ی جاسوسی آمریکا (سفارت آمریکا در تهران) توسط دانشجویان پیرو خط امام وی نظارت عالیه داشت. در نخستین دوره‌ی مجلس شورای اسلامی از سوی مردم تهران به نمایندگی این شهر و همچنین نایب رئیس مجلس انتخاب شد. سپس از سوی امام خمینی به عنوان نماینده‌ی ایشان و سرپرست حجاج ایرانی، دادستان کل کشور، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام و شورای بازنگری قانون اساسی برگزیده شد. از دیگر مسئولیت‌های وی می‌توان به ریاست مرکز تحقیقات استراتژیک از سال ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۶، مشاور سیاسی رهبری و صاحب امتیازی و مدیر مسئولی روزنامه‌ی سلام از سال ۱۳۶۹ تا ۱۳۷۸ اشاره کرد.
