آیت الله سید جعفر کریمی در سال 1309 هجری شمسی در روستای دیو کلا از توابع بابل و در میان خانوادهای مذهبی به دنیا آمد. پدرش مرحوم سید رضا کریمی، که به درخواست والده فاضلهاش و تشویق دایی خود مرحوم آیتالله العظمی حاج سید احمد استاد مصمم بود به تحصیل علوم دینی مشغول شود در اثر فوت والده و نیز پیش آمد مشکلات دیگر ناگزیر به پیشینه کشاورزی روی آورده و از تحصیل بازماند. مادرش نیز زنی پاکدامن و روحانی زاده بود که نقش بسزایی در تربیت فرزند خود ایفا میکرد. اقوام آیت الله کریمی بیشتر از طبقة برجسته و بنام روحانیان بودند و برای اشتغال به تحصیل علوم دینی ارزش فراوان قائل میشدند.
دوران کودکی آیت الله کریمی با اوج ستم رضا خانی همراه بود. او تا پایان شهریور 1320 تنها به فراگیری قرآن در مکتب خانه بسنده کرده بود و از سال 1321 برای فراگیری مقدمات، به نزد ثقة الاسلام سید محمود موحدی رفت و بخشی از جامع المقدمات را فرا گرفت. از مهرماه 1323 به حوزه علمیه بابل رفت و تا مهر 1326 در محضر استادان و عالمان آن حوزه به فراگیری ادبیات عرب اشتغال داشت.
در مهرماه 1326 عازم قم شد تا در حوزه علمیه قم و در محضر استادان و عالمان آن دیار، پلههای پیشرفت علمی و عملی را بپیماید. دروس دوره سطح را تا سال 1332 در محضر استادان برجسته قم به پایان برد و سپس به درس خارج علمای بزرگ حوزه علمیه قم مشرف شد. در دی ماه سال 1333 به سفارش پدر، به نجف اشرف، مشرف شد تا به محضر استادان آن حوزه عظیم نیز شرفیاب شود. حضور او در نجف تا سال 1357 ادامه پیدا کرد.
در طی سالهایی که امام (ره) در نجف اشرف حضور داشت، همواره به درس ایشان میرفت و هنگامی که دولت عراق به محاصره بیت ایشان پرداخته و آن مرجع بزرگ را به خروج از عراق وادار کرده بود، او با گروهی امام(ره) را تا مرز صفوان بدرقه کرد. او در طی این سالها، خود نیز به تدریس دروسی که آموخته بود پرداخت و نیز از محضر دروس اخلاق استادان خود بهرهمند بود.
آیت الله سید جعفر کریمی در سالهای تحصیل خود، به محضر استادان گرانقدر بسیاری شرفیاب شد. او که بخشی از جامع المقدمات را نزد ثقة الاسلام سید محمود موحدی در زادگاه خود آموخته بود، در حوزه علمیه بابل، دروس مقدمات را نزد حجج اسلام حاج سید حسن استادزاده، حاج شیخ علی موحد، حاج سید محمد محقق، حاج شیخ محمد علی طبرستانی و آیت الله حاج شیخ ولی اللّه مدرس آموخت.
در قم نیز دروس سطح را نزد حضرات آیات صدوقی، شیخ محمد فکور یزدی، طباطبایی و ... به پایان رساند. سپس حدود یک سال در درس خارج آیت الله العظمی حاج شیخ مهدی امامی امیری(ره) و مدتی در درس خارج فقه آیت الله العظمی بروجردی(ره) شرکت کرد.
وی در حوزه علمیه نجف نیز، از محضر استادان بسیاری بهره برد. او مدت هشت سال در دروس خاج فقه و اصول آیت الله العظمی آملی(ره) شرکت کرد. او مدت 24 سال در درس خارج فقه و اصول آیت الله العظمی خویی(ره) حضور داشت و مدت 12 سال نیز در درس خارج فقه آیت الله العظمی شاهرودی(ره) شرکت جست. در میان سالهای یاد شده، مدت چهار ماه به بحث خارج فقه آیت الله العظمی اصطهباناتی(ره) و مدت شش ماه به درس خارج اصول آیت الله العظمی یزدی(ره) رفت. او از مهر 1340 تا 1343 در درس خارج فقه آیت الله حلی شرکت کرد و مدت 3 سال در درس خارج فقه آیت الله العظمی حکیم(ره) حاضر شد.
آیت الله سید جعفر کریمی، با ورود حضرت امام خمینی(ره) به نجف اشرف، از سال 1344 تا تیرماه 1357 یعنی آخرین سال حضور امام(ره) در نجف، در درس خار ج فقه ایشان، حضور مستمر داشت.
آیت الله سید جعفر کریمی، در سالهای تحصیل و پس از آن با بسیاری از طلاب و فضلای آن روز رابطه دوستی و رفاقت داشت که از میان آنها میتوان از مرحوم آیت الله سید عباس خاتم یزدی نام برد.
زندگی آیت الله کریمی، تا کنون از خدمات علمی و فرهنگی بسیار سرشار بوده است. او در سالهای تحصیل خود تقریرات درس استادان خود را نگاشته است که از میان آنها میتوان به تقریرات درس خارج فقه حضرات آیات عظام حلّی و حکیم و تقریرات درس اصول آیت الله العظمی خویی اشاره کرد. جلد چهارم تقریرات درس فقه آیت الله العظمی آملی نیز با عنوان «کشف الحقائق عن الفقه الجعفری» به چاپ رسیده است.
آیت الله سید جعفر کریمی تا به حال دروس منطق، ادبیات عرب، فقه و اصول تا سطوح عالی را چندین بار تدریس فرموده است و به مدت یک سال در مدرسه عالی قضایی و تربیتی قم و دو سال در مدرسه عالی شهید مطهری و مدرسه علوم قضایی تهران (دانشکدة علوم قضایی) تدریس داشته است.
آیت الله کریمی از سال 1370 در حوزه علمیه قم به تدریس خارج فقه قضا اشتغال ورزید و هم اکنون نیز چندین سال است به تدریس خارج فقه عبادات و معاملات میپردازد.
امام خمینی(ره) پس از ورود به نجف و ملاحظه نابسامانیهای موجود در آن حوزة شریف، به آیت الله کریمی و دو تن از فضلای حوزه دستور دادند که با مذاکره با بیت آیت الله العظمی خویی(ره)، هیأت مشترکی برای تنظیم برنامه و امتحانات تشکیل دهند که این امر، با کار شکنی برخی از آقایان روبرو شد. از این رو امام(ره) تصمیم گرفت خود، به این امر اقدام نماید و مسؤولیت برگزاری امتحانات طلاب و نظارت بر دفتر شهریه را به آیت الله کریمی واگذاشت.
در سال 1345، تحقیق و بازنگری و تصحیح رساله عملیة عربی زبدة الاحکام و رسالة فارسی توضیح المسائل را امام(ره) به آیت الله کریمی واگذار کرد و در سال 1346، آیت الله کریمی با همکاری آیت الله خاتم یزدی(ره) کتاب البیع امام(ره) را تحت نظارت و اشراف ایشان، در بهترین اسلوب و در پنج جلد در نجف اشرف به چاپ رسانید. او کتاب خلل صلات امام را نیز به امر معظم له در نجف اشرف تحقیق و تصحیح کرد که بعدها در ایران به چاپ رسید.
آیت الله کریمی از سال 1347 تا پایان مدت حضور امام(ره) در نجف، نوشتن پاسخ استفتائات تحت نظارت امام(ره) را در بیت ایشان به عهده داشت. این مسؤولیت در ایران نیز از سال 1358 تا پایان عمر آن مرجع بزرگ، در قم به عهدة ایشان بود. او بارها برای استعلام نظر مبارک امام(ره) در زمینههای گوناگون به تهران سفر میکرد و با استاد و مراد خود دیدار مینمود.
با انتخاب آیت الله خامنهای به رهبری انقلاب در 14 خرداد 1368، و در مرداد همان سال، آیت الله کریمی عهده دار پاسخ دادن به استفتائات ایشان شد که پاسخها با نظارت ایشان، هم اکنون نیز ادامه دارد. از مهر ماه 1368 تا کنون شورای افتای رهبری، غالباً هفتهای یک بار با حضور رهبر انقلاب تشکیل میشود که آیت الله کریمی همواره در آن حضور دارند. مباحث فقهی و مسائل مستحدثه به صورت استدلالی مورد بحث قرار میگیرد.
آیت الله کریمی از سال 1358 تا سال 1369 در شورای عالی حوزه علمیه قم حضور داشت و به برنامه ریزی درسی و اخلاقی برای طلاب و نیز برقراری جلسات امتحان نهایی طلاب میپرداخت.
آیت الله سید جعفر کریمی، از سنین نوجوانی تا به امروز در عرصههای گوناگون سیاسی، به انجام دادن وظیفه میپرداخته است. او که در سنین کودکی و نوجوانی طعم تلخ استبداد رضاخانی را چشیده بود و حس مبارزه و انگیزه برچینی بساط ظلم در وجودش جوانه زده بود، در سال 1327 به جمع فدائیان اسلام به رهبری شهید مجتبی نواب صفوی پیوست و در صحنههای گوناگون مبارزه حضور فعال داشت.
پس از کودتای 28 مرداد و اقدام جدّی حکومت ستمشاهی بر تعقیب و دستگیری اعضای جمعیت فدائیان اسلام به سفارش پدر برای ادامة تحصیل به نجف اشرف رفت. در سال 1348 رژیم بعثی عراق، قصد انحلال حوزه علمیه نجف را در سر میپروراند و امام(ره) تصمیم گرفت با ازدیاد شهریه، طلاب را به درس خواندن و پایداری در برابر رژیم بعثی، تشویق کند؛ اما در حوزه علمیه نجف افراد مشکوک و ناصالحی وجود داشتند که گاه وابسته به حزب بعث بودند و امام(ره) خوش نمیداشت که سهم امام را نصیب آنان کند. از این رو به آیت الله سید جعفر کریمی دستور داد که به پاک سازی حوزه از عناصر وابسته به رژیم بپردازد. این امر باعث شد که آیت الله کریمی با سازمان امنیت عراق درگیر شود و مورد احضار قرار گیرد.
از دیگر فعالیتهای وی در نجف اشرف، ورود به جمع حامیان آیت الله العظمی حکیم(ره) در مبارزه با حزب توده بود. او در کنار بارگاه مقدس علوی همواره یار و مدافع امام(ره) بود و پس از تبعید امام به ترکیه، همواره در معیت دوست دیرین حضرت امام مرحوم حجةالاسلام حاج شیخ نصرالله خلخالی با برقراری جلسات توجیهی در نجف اشرف به حمایت از اهداف امام(ره) در تشکیل حکومت اسلامی میپرداخت. و با تنظیم تلگراف و ارسال آن به سفارتخانههای دولتهای اسلامی در بغداد آنان را از حوادث دنیای اسلام آگاه میساخت.
در سال 1356 اخبار جسته گریختهای مبنی بر سوء قصد به جان امام(ره) به گوش میرسید. این اخبار را بیشتر عمال رژیم شاه پخش میکردند. امام در تاریخ 27 ذی حجه 1397 هجری قمری، آقایان سید جعفر کریمی، شیخ حبیب الله اراکی، سید عباس خاتم یزدی و رضوانی خمینی را وصی خود قرار داد و وصیت نامه را در پاکتی سر بسته تحویل آنان داد و پشت پاکت نوشته بود: این پاکت نزد جناب آقای سید جعفر کریمی محفوظ باشد و پس از فوت این جانب آن را باز کنند و مطالعه کنند.
آیت الله کریمی، پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی نیز، در مسؤولیتهای گوناگونی به انجام وظیفه پرداخت. او در مرداد سال 1358 با فرمان امام(ره)، داوطلب نمایندگی مجلس خبرگان قانون اساسی شد که با رأی مردم مازندران به آن مجلس راه یافت و در پارهای از موضوعات رابط مجلس و امام(ره) بود.
- در سال 1360، آیت الله کریمی به نمایندگی از سوی امام(ره) به همراه آیت الله احمدی میانجی(ره) در شورای عالی اقتصاد، بر لوایح قانونی و تنظیم برنامة متناسب با نظام در زمان دولت آقای میر حسین موسوی حضور داشت و در همان سال، با عضویت در دادگاه عالی انقلاب، به بازنگری پروندههای محاکم میپرداخت. برخی دیگر از مسؤولیتهای وی عبارتند از:
ـ ریاست دادگاه عالی انتظامی قضات با حکم امام(ره) در سال 1361؛
ـ نمایندگی مجلس خبرگان رهبری در دورة اول و سوم از طرف مردم استان مازندران؛
ـ مسؤولیت بررسی پروندههای زندانیان محاکم عمومی با حکم امام(ره) در سال 1362؛
آیت الله کریمی در انتخاب شایسته حضرت آیت الله خامنهای به رهبری انقلاب در سال 1368 نقش سازنده و مهمی ایفا کرد و از آن تاریخ تا کنون همواره بر حمایت بر اصل مترقی ولایت فقیه و خدمت در نظام مقدس جمهوری اسلامی پای فشرده است.
آیت الله کریمی از سال 1358 به عضویت جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در آمد و در طی این سالها، نقش مهم و مثبتی در احیای حوزههای علمیه و اعتلای اسلام ناب محمدی ایفا کرده است. او هم اکنون در قم به تدریس بحث خارج فقه معاملات اشتغال دارد و در دفتر مقام معظم رهبری به پاسخ استفتائات و خدمترسانی به مردم انقلابی می پردازد.