
سیّدمجتبى حسینى در سال ۱۳۳۳ شمسى در خانواده ای سیستانی درشهر مشهد و در خانواده اى روحانى متولد شد. پدرش آیت الله سیّدجلیل حسینى از علماى به نام مشهد است که در زمان رژیم شاه پس از نپذیرفتن دعوت رژیم طاغوت در دیدار با شاه ، اقامه نماز در مسجد گوهرشاد برای وی ممنوع و پس از آن در حسینیّه تهرانیهاى مقیم مشهد به اقامه جماعت پرداخت.
حاج آقا سید جلیل پدرآیت الله سید مجتبی از سادات اصیل سیستانى است که در نوجوانى از روستای دادی از توابع شهرستان هامون براى تحصیل علوم حوزوى به مشهد مهاجرت کرده و درمحضر مرحوم آیت الله میرزامهدى اصفهانى – عالم و عارف مشهور – به درجه اجتهاد نایل شد.مادرش نیز از سادات و فرزند مرحوم آیت الله آقا نجفى و نوه پسرى مرحوم میرزا مهدى شهیدى بود.
از بستگان نزدیک پدری آیت الله سیدمجتبی از جمله پسر عموها وپسر عمه های او در زاهدان و منطقه سیستان هم اکنون نیز زندگی می کنند و از سادات صاخب نفوذ بحساب می آیند که از جمله می توان به مرحوم حاج آقا سیدمعین عموی بزرگوار ایشان، فرزندان حاج سید محمد طباطبائی معروف به ده مدصفری و بویژه مرحوم آقاسید عبدالله حسینی امام جماعت قبلی مسجد امام جعفر صادق(ع) زاهدان اشاره نمود.
گفته میشود صدها مجلد کتاب ومنابع مهم مذهبی که از دوران مختلف گذشته در روستای دادی از توابع سیستان در حال نابودی بود توسط آیت الله حاج آقا سید جلیل بازسازی و با هزینه شخصی در دهه ی ۲۰ و ۳۰ به مشهد مقدس منتقل و به کتابخانه رضوی برای حفظ و نگهداری واستفاده هدیه گردیده است.
سید مجتبی حسینی نزد بزرگانی چون حجت الاسلام و المسلمین واعظ طبسى ، مرحوم اشکذرى ، آیهالله خزعلى ، آیت الله العظمى وحید خراسانى کسب علم کرده است
وی در تاریخ ۱۹ شهریور ۱۳۷۶ همزمان با تدریس در حوزه و دانشگاه ،به مدّت هفت سال،نماینده ی رهبری در امور اهل سنت بلوچستان بوده است که جهت مزید اطلاع مخاطبان رونوشت حکم مقام معظم رهبری به ایشان را ذیلا درج می نماید:
جناب حجتالاسلام آقای حاج سید مجتبی حسینی(دامت افاضاته)
اکنون که بحمدالله و حسن توفیقه دفتر نمایندگی اینجانب در امور مربوط به برادران اهل سنت در بلوچستان به توفیقات و تجارب و دستاوردهای باارزشی نائل گشته است و اظهارات برخی از آقایان علماء و مبلغین مذهبی حاکی از حضور مفید و خدمات شایان تقدیر آن دفتر است، ضمن تشکر از جناب حجتالاسلام آقای حاج سید حسن ربانی و آقایان فضلای محترم همکار ایشان که در چند سال گذشته بارهای سنگین مسؤولیت را در آن سامان بر دوش داشتهاند، جنابعالی را به عنوان نمایندهی خود و مسؤول آن دفتر منصوب میکنم و امیدوارم که با فضل و پرهیزگاری و شرافت حسب و نسب که در جنابعالی معمود است، به وظایف مقررهی آن مرکز قیام نمایید و در ارتباط با علماء محترم و حوزههای علمیه و مراکز دینی و تبلیغی اهل سنت، هدایت فعالیتهای فرهنگی و اجتماعی و دینی آن برادران را عهدهدار گردید، بدیهی است که کلیهی دستگاههای مسؤول در آن استان، موظفاند جنابعالی را در انجام این مسؤولیت کمک و همکاری نمایند.