آیت الله محمدباقر (مهدی) باقری کنی در سال 1305 در روستای کن از توابع تهران پا به جهان هستی نهاد. وی که به هوش و استعداد فراوان شهره بود، پس از گذران تحصیلات ابتدایی به همراه برادر کوچکتر خود، آیت الله محمدرضا مهدوی کنی، عزم تحصیل علوم دینی کرد و در حوزه علمیه مرحوم آیت الله برهان در مسجد لرزاده تهران مشغول به تحصیل شد و بهره‌های بسیاری در مسائل علمی و فضائل اخلاقی از آن بزرگوار برد و با وجود اینکه در بدو شروع تحصیل قدری از همسالان خود عقب‌تر بود، با تلاش و هوش فراوان ظرف مدت کوتاهی خود را به آنها رساند. در سال 1327 به قم رفت و در دروس سطح از محضر حضرات آیات حاج شیخ عبدالجواد سده‌ای (جبل عاملی)، شهید صدوقی، سلطانی، مجاهدی استفاده کرد.
وی که از شاگردان مبرز درس خارج آیت الله بروجردی و امام خمینی ره بود، علاوه بر فقه و اصول، در فلسفه و تفسیر سال‌ها ازدرس‌های علامه طباطبایی بهره برد و در قزوین و تهران در درس‌های اسفار آیت الله سید ابوالحسن رفیعی قزوینی حاضر می‌شد.
او همواره با استاد خود حضرت امام خمینی( ره) همراه و همدل بود و در خرداد 42 به همراه تعدادی از طلاب حوزه علمیه قم دستگیر شد و به زندان ستمشاهی افتاد. در طی سال‌های پس از انقلاب اسلامی نیز بر اساس احساس تکلیف شرعی با وجود اینکه چندان تمایلی به پست و شهرت نداشت، حضور پررنگ و مؤثری در صحنه داشت. قائم مقامی سرپرست کمیته‌های انقلاب اسلامی و معاونت وزیر کشور در زمان ریاست برادرش آیت الله مهدوی کنی، نشان از حضور در صحنه و شخصیت مورد اطمینان و ارزشمند ایشان است. ایشان در دور اول و دوم مجلس خبرگان رهبری (دوره انتخاب حضرت آیت الله خامنه‌ای دام ظله العالی به رهبری) نماینده مردم تهران بود و هم‌اکنون نیز از سوی مردم استان تهران در مجلس چهارم خبرگان رهبری نماینده است.
ایشان از ابتدای تأسیس دانشگاه امام صادق علیه السلام تا کنون به عنوان عضو هیأت علمی و قائم مقام دانشگاه مشغول به فعالیت هستند. شخصیت علمی و اخلاقی ایشان در میان دانشجویان، کارکنان و اساتید زبانزد است و ایشان را به محل مراجعه برای رفع مسائل علمی، اخلاقی و دینی بدل کرده است.
